1986年，青岛化工学院设置工业分析和精细化工两个专科专业

1988年，青岛化工学院应用化学系成立，工业分析和精细化工两个专科专业升级为本科专业

1990年，应用化学系获得应用化学二级学科硕士学位授予权

1995年，精细化工专业从应用化学系调整出来，成立精细化工系，后并入化工学院

1996年，应用化学系增设材料化学本科专业，2006年专业调整并入材料科学与工程学院  

1998年，应用化学系获得分析化学二级学科硕士学位授予权

1999年，工业分析专业变更名称为应用化学专业

1999年，应用化学系增设工业分析与检验专业（学制三年），2014年停止招生

2001年，应用化学系更名为化学与分子工程学院

2002年，化学与分子工程学院增设环境工程本科专业，2006年专业调整并入环境与安全工程学院

2002年，化学与分子工程学院增设化学本科专业

2002年，应用化学获批山东省重点学科

2003年，化学与分子工程学院获得应用化学二级学科博士学位授予权

2004年，化学与分子工程学院增设海洋科学本科专业，2017年专业调整并入海洋科学与生物工程学院

2005年，化学与分子工程学院获得化学一级学科硕士学位授予权

2007年，化学与分子工程学院获得海洋化学二级学科硕士学位授予权

2008年，生态化工教育部重点实验室获批成立，2018年更名为光电传感与生命分析教育部重点实验室

2008年，“化工类专业化学系列课程教学团队”获批国家级教学团队

2009年，化学与分子工程学院获批设立化学博士后流动站

2009年，应用化学专业获批国家级特色专业

2009年，基础化学实验中心获批山东省实验教学示范中心

2010年，生态化工国家重点实验室培育基地获批成立

2011年，化学与分子工程学院增设应用化学（中美）本科专业，为青岛科技大学与美国特洛伊大学合作办学项目

2011年，生化分析创新团队入选教育部“长江学者和创新团队发展计划”；2015年，验收优秀获滚动支持

2012年，“工科有机化学系列课程教学团队”获批省级教学团队

2017年，化学学科入选山东省“一流学科”

2017年，教育部发布全国第四轮学科评估结果，化学学科处于B档，并列全国第31位

2018年，化学与分子工程学院增设分子科学与工程本科专业

2018年，化学与分子工程学院获得化学一级学科博士学位授予权

2019年，“基础化学教学团队”入选全国石油和化工教育优秀教学团队

2019年，《海洋中的电化学腐蚀与防护》入选国家级虚拟仿真实验教学项目，2021年入选国家级一流课程

2019年，应用化学和化学专业入选山东省一流专业建设点

2021年，应用化学专业入选国家一流专业建设点

2021年，化学与分子工程学院荣获全国教材建设先进集体

2022年，山东省实验教学示范中心党支部入选山东省高校党建工作样板支部培育创建单位

2023年，分子科学与工程专业调整为能源化学专业

2023年，“基础化学教师团队”入选山东省高校黄大年式教师团队